Cuối năm 2002, Murphy bắt đầu hò hẹn với Ashton Kutcher, người cùng đóng vai chính với cô trong phim Just Married.[10] Trước kia cô đã đính ước với nhà quản lý tài năng Jeff Kwatinetz, sau đó cô đính ước với Joe Macaluso trong tháng 12 năm 2005, một phụ tá sản xuất phim mà cô gặp khi đóng phim Little Black Book.[11] Tháng 8 năm 2006, họ chấm dứt việc đính ước.[11] Tháng 5 năm 2007, Murphy kết hôn với nhà viết kịch bản người Anh Simon Monjack trong buổi lễ theo tục lệ Do Thái ở tư gia.[12]

Đầu những năm 2000, việc Murphy sụt cân rất nhiều[13][14] đã dẫn đến tin đồn cô nghiện cocaine.[13][15] Năm 2005, Murphy phản bác lại điều đó bằng cách tuyên bố trên tạp chí Jane, "Không, tôi chưa bao giờ thử nó trong suốt cuộc đời của tôi".[13][15] Tại thời điểm này, cô vừa ký kết hợp đồng đại diện cho hãng quần jean Jordache.[16]

Năm 2005, Murphy ký hợp đồng làm người mẫu phát ngôn cho hãng sản xuất quần jeans Jordache.[17] Năm 2006, Murphy được bầu đứng thứ 36 trong danh sách 100 phụ nữ gợi tình nhất của tạp chí FHM, và tháng 5 cùng năm, tạp chí Maxim chỉ định Murphy #49 trên danh sách Hot 100 của tạp chí.